Archiwum Państwowe w Gdańsku – jako urząd zwany wówczas Königliche Staatsarchiv für Westpreussen – rozpoczęło swoją działalność 1 kwietnia 1901 r. Początkową siedzibą archiwum był ratusz Głównego Miasta. Przeniesienie do własnego gmachu przy Hansaplatz 5 (obecnie Wałowa 5) nastąpiło w grudniu 1902 r. Do wybuchu I wojny światowej zasadniczą część zgromadzonego w Gdańsku zasobu stanowiły zbiory archiwum miejskiego oraz przejęte z Archiwum Państwowego w Królewcu materiały władz administracji państwowej, kościelnej, gospodarczej i sądów. Dużą grupę akt zgromadzili archiwiści, którzy penetrując archiwa miast, cechów, bractw, stowarzyszeń, klasztorów, kościołów przejęli jako depozyt do zasobu archiwum wiele starych dokumentów, rękopisów, ksiąg. Kolejne źródła dopływu archiwaliów stanowiły współcześnie działające instytucje państwowe. Klęska Prus w I wojnie światowej i możliwość utraty terenu Pomorza Gdańskiego na rzecz odrodzonego państwa polskiego – a wraz z nim, w myśl zasady proweniencji terytorialnej, części zasobu Archiwum, ponadto aż do 1939 r. nierozstrzygnięta sytuacja prawna Archiwum Państwowego Wolnego Miasta Gdańska (Staatsarchiv der Freien Stadt Danzig) spowodowały, że w latach 1918-1938 wywieziono materiały archiwalne z registratur byłych urzędów pruskich i Archiwum Państwowego do urzędów w Berlinie oraz do archiwów w Berlinie, Królewcu i Szczecinie. Łącznie wywieziono około 1000 m.b. akt. Długotrwałe negocjacje strony polskiej z przedstawicielami gdańskiego Archiwum w okresie międzywojennym w celu ustalenia zasobu, który winna otrzymać Polska, nie przyniosły jednak większych rezultatów.
Po objęciu okupacją Pomorza Gdańskiego przez hitlerowców we wrześniu 1939 r. i wcieleniu Wolnego Miasta Gdańska do Trzeciej Rzeszy, akta najważniejszych urzędów i instytucji oraz instytucji międzynarodowych, wytworzone tutaj w okresie 20-lecia międzywojennego, wywieziono do Ministerstwa Spraw Zagranicznych Rzeszy w Berlinie. Pozostałe przejęło Archiwum Państwowe w Gdańsku, przemianowane wówczas na Reichsarchiv Danzig. Pod koniec 1944 r. władze gdańskiego Archiwum podjęły akcję zabezpieczania najcenniejszych zbiorów przed zbliżającym się od wschodu frontem. W marcu 1945 r., w toku prowadzonych działań wojennych, spłonął budynek Archiwum wraz z pozostałymi w nim aktami. Z zasobu ocalały akta wywiezione poza Gdańsk do majątków na Pomorzu Zachodnim oraz na teren Niemiec i pozostawione w piwnicach budynku administracyjnego archiwum. Zbiory ukryte na terenie samego Gdańska spłonęły.
Po zakończeniu II wojny światowej w dniu 17 grudnia 1946 r. utworzone zostało polskie Archiwum Państwowe w Gdańsku. Stanęły przed nim trudne zadania, w tym: odbudowa spalonego gmachu, odbudowa historycznego zasobu, który zgromadzono w Archiwum do 1945 r. oraz zabezpieczenie i zgromadzenie akt pozostałych w archiwach i registraturach niemieckich urzędów. W ciągu kilku lat zrealizowano większość z nich. W 1950 r. oddano do użytku odbudowane magazyny, zasób liczył już 2295 m.b. akt. Zdołano także odzyskać zasób Staatsarchiv w około 50 %. Przystąpiono do uporządkowania i zewidencjonowania zgromadzonych materiałów archiwalnych, a następnie do ich udostępniania do badań naukowych i w celach wystawienniczych. Równolegle archiwum zaczęło również nadzorować i kształtować materiały archiwalne powstające w urzędach, instytucjach i zakładach. Funkcje kontrolne nad nimi wykonywały przede wszystkim utworzone w latach 50. archiwa powiatowe podległe na terenie województwa gdańskiego Wojewódzkiemu Archiwum Państwowemu w Gdańsku (pod tą nazwą funkcjonowało od 1952 r.). W dalszych latach, w wyniku zmian administracyjnych kraju, zniesienia powiatów, archiwa te uległy likwidacji, a ich zasób przejęło Archiwum Państwowego w Gdańsku - zwane tak od 1983 r. W związku z dalszym przyrostem zasobu, Ekspozytura w Gdyni po otrzymaniu dużego lokalu uległa rozbudowie i w 1997 r. otrzymała status oddziału zamiejscowego. W dniu 16 lipca 2012 r. rozpoczęły się prace budowlane związane z inwestycją polegającą na rozbudowie i przebudowie Archiwum Państwowego w Gdańsku.
Historia malborskiego Archiwum
Archiwum zostało utworzone na mocy Zarządzenia Ministra Oświaty z dnia 21 czerwca 1950 roku jako Oddział powiatowy Wojewódzkiego Archiwum Państwowego w Gdańsku. Archiwum rozpoczęło działalność w końcu września 1950 roku obejmując zasięgiem swojej działalności powiaty: elbląski, kwidzyński, malborski i sztumski wchodzące w skład ówczesnego województwa gdańskiego. Lokal Archiwum mieścił się w budynku dzisiejszego Urzędu Miasta w Elblągu przy ulicy Łączności 1. Jednym z głównych organizatorów i pierwszym kierownikiem elbląskiej placówki był Władysław Rusinowski. Na okres ten przypada ostatni etap zabezpieczania akt poniemieckich urzędów i instytucji na tym terenie prowadzonych pod kierunkiem Dyrektora gdańskiego Archiwum Marcina Dragana.
Po wejściu w życie Dekretu o archiwach państwowych w marcu 1951 r. elbląska placówka uzyskała rangę Powiatowego Archiwum Państwowe (PAP). Wobec zdecydowanie większego nasycenia archiwaliami oraz korzystniejszego położenia w 1951 roku wysunięto inicjatywę przeniesienia Archiwum do Malborka i ulokowania go na terenie Zamku. Projekt ten spotkał się z poparciem władz miejskich Malborka, które wyraziły zgodę na bezpłatne przekazanie do dyspozycji Archiwum Państwowego wytypowanych pomieszczeń zamkowych. Z dniem 8 marca 1952 r. siedziba Powiatowego Archiwum Państwowego została przeniesiona z Elbląga do Malborka przy niezmienionym zakresie właściwości terytorialnej. Jego kierownikiem został Eligiusz Gumprecht.
W wyniku ustawy o nowym, dwustopniowym podziale administracyjnym kraju z dnia 28 maja 1975 roku utworzone zostało województwo elbląskie. W jego skład weszły: część obszaru byłego województwa gdańskiego położona na wschód od Wisły oraz północno-zachodnia część byłego województwa olsztyńskiego z miastami Braniewo, Frombork, Pasłęk, Prabuty i Susz. Dnia 1 lutego 1976 roku Zarządzeniem Ministra Nauki, Szkolnictwa Wyższego i Techniki powołano do życia Wojewódzkie Archiwum Państwowe w Elblągu z siedzibą w Malborku, obejmujące swoim zasięgiem terytorialnym nowopowstałe województwo elbląskie Na jego zasób złożyły się akta PAP w Malborku oraz archiwalia przejęte ze zlikwidowanego PAP w Elblągu. W latach 1976-1983 Archiwum dysponowało magazynami archiwalnych (ekspozyturami) w Elblągu i Braniewie. Funkcję Dyrektora Archiwum sprawował w latach 1976-1980 Eligiusz Gumprecht, dotychczasowy długoletni kierownik Powiatowego Archiwum Państwowego w Malborku.
Na mocy ustawy o narodowym zasobie archiwalnym i archiwach w 1983 roku WAP w Elblągu otrzymało nazwę Archiwum Państwowe w Elblągu z siedzibą w Malborku. Zgodnie z ówczesnym statutem w skład Archiwum wchodziły: oddział opracowania zasobu, dział ewidencji, udostępniania i informacji archiwalnej i stanowisko do spraw archiwów zakładowych. W latach 1980-1997 dyrektorem placówki był Henryk Pieszko.
Po wprowadzeniu reformy administracyjnej kraju z dniem 1 stycznia 1999 roku teren byłego województwa elbląskiego został podzielony między województwo pomorskie i warmińsko-mazurskie. Obszar podlegający kompetencyjnie Archiwum nie zmienił się i obejmuje powiaty: elbląski (grodzki i ziemski), kwidzyński, malborski, nowodworski, sztumski, braniewski, część powiatu iławskiego (gmina Kisielice, Susz) i powiatu lidzbarskiego (gmina Orneta). Od 1997 roku funkcję Dyrektora Archiwum pełni Małgorzata Janusz.
Na mocy Rozporządzenia Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego z dniem 1 stycznia 2018 r. jednostka otrzymała nazwę Archiwum Państwowe w Malborku.
Z dniem 1 marca 2024 roku, na podstawie Rozporządzenie Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego z dnia 10 listopada 2023 r. nastąpiło połączenie Archiwum Państwowego w Gdańsku i Archiwum Państwowe w Malborku.